Im 9. Jahrhundert kommt Branderode unter dem Namen Hadebrandesrode vor und war alter Besitz der Grafen von Klettenberg. Fulda weist in einer Urkunde von 874 ausgestellt nach, dass es ein Recht habe, den 10. (eine damals übliche Zinsabgabe) von Branderode zu verlangen. Es kann davon ausgegangen werden, dass die eigentliche Dorfgründung zwischen 865 bis 870 liegt.
Der Franke "Hadubrand", wohl ein Ritter, aber germanischer Abstammung, im fränkischen Dienst, kam in diese Gegend, nach ihm wurde der Ort benannt. Einer der Grafen von Klettenberg, Conrad, schenkte 1253 dem Kloster Walkenried, weil er das Kloster einst benachteiligt hatte, eine Hufe Land mit Hof und Garten in Branderode, das hier bereits seinen jetzigen Namen führte. Ferner schenkte er 1255 dem genannten Kloster die Kirche in Branderode, welche von ihrem Pfarrer verlassen worden war. Bald darauf verkaufte er das Dorf 1257 an die Grafen von Hohenstein.
1525 unter der Regierung des Grafen Ernst von Hohenstein traten die Unruhen des Bauernkrieges auch bist in die hiesige Gegend. Im Jahre 1648 gehörte Branderode zum Bistum Halberstadt und kam mit diesem an das Kurfürstentum Brandenburg - Preußen, nachdem vorher die Grafen Hohenstein ausgestorben waren. Von 1652 - 1704 wurde Branderode von Preußen an die Fürsten von Sayn-Wittgenstein verpfändet. In den Jahren 1761 - 1962 litt Branderode sehr durch die französische Einquartierung. 1815 wurde die Provinz Sachsen gebildet und Branderode dem Kreis Nordhausen zugeteilt, welcher später den Namen Kreis-Grafschaft Hohenstein erhalten hat. Von 1840 - 1870 war die Blütezeit der Heimweberei und das Aufbereiten des Flachses, außerdem wurde eine Gipsfabrik in der Gemarkung Branderode (Kutzhütte) im Jahre 1889 eröffnet, von der Branderode noch heute Einnahmen erzielt.
Der Ort Branderode weist in seinem Wappen auf das traditionelle, den Ort prägenden Leinenweberhandwerk hin. Dies wird insbesondere durch die zwei Weberschiffchen verdeutlicht. Die Flachsblüten stehen für die mit der Leinenweberei verbundene Rohstoffgewinnung den Flachsanbau. Branderode liegt mit seiner Flur im älteren Flößgebirge an einem Bach, dem Sachsengraben. Die Flur ist bergig und der meist trockene Boden wird aus Ton, Lehm und Hasselerde mit Kalkstein gemengt, gebildet. Die Waldungen bestehen aus Buchen und Eichen.
Branderode hat bis heute seinen dorftypischen Charakter behalten und ist landwirtschaftlich geprägt.
Mit seinen wunderschönen alten Fachwerkhäusern aus dem 18. und 19.Jahrhundert wurde Branderode 1995 Flächendenkmal.
